国际重叠征税与国际重复征税的相同之处在于同一来源的所得在不同的税收管辖下被多次征税,但它们之间也有着本质的不同。其最主要的区别在于：
（1）产生的原因不同。国际重复征税是基于国家间的管辖权冲突，这种冲突往往直接体现在同一纳税期限内；而国际重叠征税则是由于不同国家税制结构导致的，其主要体现在不同国家税收管辖权的先后叠加。也就是说，管辖权冲突实际上即是各国税收法律制度的冲突，而管辖权叠加是基于不同国家经济税制结构的差异造成的。这也是为什么国际重复征税被称为狭义的国际重复征税或法律上的国际重复征税，而国际重叠征税则被称作广义的国际重复征税或经济上的国际重复征税的主要原因。
（2）纳税主体不同。国际重复征税是不同国家对同一纳税人的同一所得两次或多次征税；而国际重叠征税则是不同国家对不同纳税人的同一所得两次或多次征税。这是国际重复征税与国际重叠征税之间最基本、最重要的区别。
（3）其他方面的诸多不同。重复征税没有国内重复征税，其有时只涉及个人纳税人，而与公司无关;但重叠征税有国内、国际之分,重叠征税涉及的纳税人中，至少有一个为公司。另外，国际重复征税只涉及同一税种，而国际重叠征税则有可能涉及不同税种。（P358）