一般说来，行政管理机构设置的程序主要有如下几个基本环节：（一）提出行政管理机构设置的理由，并设计出初步方案行政管理机构的设立、变更、撤销和合并不是任意的，而是有其客观原因的，或者是由于行政环境的变化而导致行政管理机构的变更，或者是由于行政管理体制的改革而导致行政管理机构的变革，或者两者兼而有之。不管是出于何种理由，行政管理机构的设置总是有原因的；要设置行政管理机构，政府或政府的机构编制部门必须就此提出充分的理由。然后，在调查研究和广泛征求意见的基础上，就行政管理机构的设立或者变更、撤销或者合并提出具体的方案。（二）对行政管理机构设置方案的评估和论证行政管理机构的设立、变更、撤销和合并是一件非常复杂的事情，既要考虑行政管理本身的需要，还要考虑现有机构的惯性；既要考虑机构对环境的适应性，又要考虑机构自身的运转协调；既要考虑机构设置的合理性，又要考虑机构设置的合法性。还涉及不同部门之间的权力划分、职能定位、人财物的分配，甚至还关系到官员的升迁和人员的安排，等等。因此，对于政府或政府机构编制部门提出的行政管理机构设置方案必须组织专家与相关人员进行充分评估和论证，在充分听取各方意见之后，还要进行必要的修改，甚至有时还得推倒重来。重新制订新的方案后仍然需要论证，直至其科学性和合理性得到绝大多数评估与论证者肯定后，方可提交给相关立法机构或上级行政机构予以批准。（三）对行政管理机构设置方案的批准行政管理机构的设置方案提出并经评估、论证后，还必须提交有批准权的机关予以批准，这是一个必不可少的程序。一般说来，批准机关有立法机关和上级行政机关。中央政府主要职能机构的设置，必须由全国性的立法机关予以讨论通过；中央政府内设的办事机构及一些辅助性机构由中央政府批准即可；同样，地方政府的职能机构的设置一般也要由相应的地方立法机关讨论通过；地方政府的办事机构的设置一般由同级政府批准即可，但要向上级政府备案。（四）对行政管理机构设置方案的落实与实施在行政管理机构设置方案经立法机关通过或经上级政府批准后，就需要对方案进行组织实施。组织实施的过程是一个非常复杂的过程，关键是人、财、物的组合。这里既有官员的选拔、升迁，也有一般工作人员的安排。特别是当机构撤销或合并时，多余人员的安排往往是一个非常大的难题。行政管理机构设置方案的实施，由中央政府和地方政府负责。中央行政管理机构的设置，由中央政府负责落实；地方政府行政管理机构设置方案的实施，由相应的地方政府负责落实。但中央政府有责任领导和监督地方政府实施其行政管理机构设置方案的实施工作。