科举制对中国文化的负面影响主要有两点：
第一，科举考试耗费了士人几乎全部的精力，读书做官成为知识阶层的更终目标，造成传统文化畸形发展。在王权政治之下，社会经济文化生活无不受到权力的制约，政治地位是一切社会地位的根据，权力无处不在，无孔不入。人们为了保持自己的家产与地位，无不谋求政治上的发展但从经营举业的万千士子的数量看，大多数读书人经历的是头白齿摇、终老科场的失意。科举不仅耗费了士人的毕生精力，同时也限制了知识阶层的眼界。经学、文学及史学是科举考试的主要内容，在科举考试的导向之下，广大士人用心的范围不出以上学科，并且这些学科依附于传统的政治文化，人们热衷于经籍的注解，经义的阐发，思维活动的空间单一而狭小。而跟社会民生紧密相关的艺术与科技门类的知识文化由于远离科举而遭冷遇，艺术思维与科学思维的薄弱造成民族文化长期停留在经验与实用的层面之上，民族文化缺乏健康发展的动力与活力。
第二，科举制是对极端专制王权的维护。高度的集权政治需要一支庞大的官僚队伍，而经过科举考试选拔而来的大小官僚是当时整个社会文化程度更高的阶层。他们在管理国家，服务王权政治上有着较强的应变能力，他们的精明与能干直接关系到帝国政治的工作效率。这些来自科举的官僚，他们以“天子门生” 自居，直接效忠于皇帝。由于其地位与权力来自皇上的恩赐，因此他们也更加依附于皇权，在极端专制的明清时代表现得尤为明显。科举制不仅在官员素质上为集权政治提供保障，同时它也是重要的思想控制工具。历代帝王都注重对知识阶层的思想控制，科举制利用统一的标准考试强制推行儒家思想，进而限制人们的行为。在科举制度日益僵化的明清时期，统治者将程朱理学作为考试的中心内容与指导思想，广大士子也只能揣摩古人的语气，“代圣贤立言”，绝不允许有自己的思想发挥，任何违背孔孟程朱的言论都要受到惩罚。就连行文的格式也有严格的规定，将八股文作为标准考试文体，人们只要背熟八股时文，就有可能高中皇榜。在这种情形下，知识分子也就成为没有思想的驯服工具，这种状态正是极端专制政治所需要的。